Cốt truyện Tom & Jerry: Chiếc La Bàn Kỳ Bí bắt đầu từ việc chuột Jerry lẻn vào Bảo tàng Triển lãm Thành phố, bị “bác bảo vệ” Tom truy đuổi quyết liệt. Giữa cuộc hỗn loạn, cả hai vô tình kích hoạt chiếc la bàn bí ẩn, mở ra cổng không - thời gian và bị hút vào một thế giới hoàn toàn xa lạ. Khi tỉnh dậy, Tom và Jerry thấy mình lạc lõng giữa cảnh quan châu Á cổ kính: những mái nhà cong vút bay trên mây, núi non bao phủ sương mù huyền ảo và những nhân vật mới lạ. Bị nhầm là "anh hùng trời giáng", Tom cùng Jerry khám phá vùng đất, đối phó với những kẻ săn đuổi đáng sợ và tìm cách trở về nhà.
