Shin Cậu Bé Bút Chì: Bí Ẩn! Học Viện Hoa Lệ Tenkasu đưa khán giả vào một cuộc phiêu lưu đầy kịch tính và bí ẩn khi nhóm bạn thân của Shin quyết định khám phá một học viện tư thục nổi tiếng. Tuy nhiên, chuyến thăm bất ngờ trở thành một cơn ác mộng khi Kazama, một trong những thành viên của nhóm, bị tấn công bởi một thế lực bí ẩn. Hậu quả của vụ tấn công khiến cậu rơi vào tình trạng suy giảm trí tuệ cùng với những dấu vết lạ trên cơ thể. Bộ phim không chỉ mang đến những tình huống hài hước đặc trưng của Shin mà còn khơi dậy sự tò mò về những bí mật đen tối đang ẩn giấu trong học viện. Hãy cùng Shin và các bạn bước vào hành trình giải mã những điều kỳ lạ này!